Al jaren probeert Marcus zijn vader te vinden. Hij was nog een baby toen hij hem voor de eerste en enige keer ontmoette. Wanneer Stanley overlijdt, wordt Marcus opgespoord: zijn vader blijkt jarenlang in een zelfgebouwde tent aan de rand van Amsterdam te hebben geleefd. Waarom koos hij ervoor zich radicaal terug te trekken uit de samenleving, buiten de instanties? Beetje bij beetje begint Marcus meer van zijn vaders keuzes te begrijpen. Naarmate de zoektocht vordert, groeit ook zijn wantrouwen tegenover instituties en raakt hij steeds meer in de ban van de online manosphere.

De fantasieën van Marcus, waarin hij zichzelf steeds meer als een mannelijke held ziet, worden in Sovereign Son verbeeld met griezelige, glossy AI-beelden, die het vervreemdende karakter van zijn fantasieën benadrukken. De combinatie van AI en de invloed van de online manosphere maakt de film bijzonder actueel: hoe vormen de beelden en ideeën die we online tot ons nemen het beeld dat we van onszelf hebben?